Перелётные птицы могут быть переносчиками различных болезней — бактериальных, вирусных, грибковых и паразитарных. Это связано с тем, что мигрирующие птицы создают массовые скопления, что увеличивает вероятность обмена патогенами и их разноса на большие расстояния. В результате на территориях могут образовываться кратковременные или продолжительные очаги заболеваний на основе природных штаммов, занесённых из далёких мест перелётными птицами.

Бактериальные

• Сальмонеллёз (паратиф) — инфекционная болезнь, протекающая преимущественно в виде гастроинтестинальных и реже — генерализованных форм. Молодняк домашней и дикой птицы наиболее чувствителен к заражению сальмонеллами. Больные и переболевшие птицы могут быть резервуаром возбудителя — в течение длительного времени быть сальмонеллоносителями.
• Колибактериоз (эшерихиоз, колисептицемия, дизентерия) — острая инфекционная болезнь, вызывается энтеропатогенными кишечными палочками, протекает в виде септицемии и характеризуется диареей.

Вирусные

• Высокопатогенный грипп птиц (ВПГ) — высококонтагиозная вирусная болезнь, характеризующаяся поражением кровеносной и центральной нервной систем, органов дыхания, пищеварения, выделения и яйцеобразования. В период перелётов птицы играют основную роль в распространении вируса, особенно там, где есть доступ домашней водоплавающей птицы к водоёмам.
• Болезнь Ньюкасла (псевдочума, атипичная чума) — инфекция, которая поражает дыхательную систему, пищеварительный тракт и нервную ткань. Вирус попадает к птицам от больных особей или через инвентарь по уходу, подстилки, корм, воду, обсеменённую вирусом.

Грибковые

• Аспергиллёз — грибковое инфекционное заболевание, поражающее птиц различных видов. Основной возбудитель — грибы рода Aspergillus, которые вызывают патологические изменения в дыхательной системе, реже в других органах. Заражение птиц происходит аэрогенным путём при вдыхании спор или алиментарно через заражённый корм.
• Дерматомикоз — кожные поражения птиц, вызванные плесневым грибом Penicillium polonicum. Пик заболеваемости приходится на влажные тёплые периоды (весной и осенью).

Паразитарные

• Кокцидиоз птиц — инвазионное заболевание, вызываемое одноклеточными паразитическими простейшими кокцидиями. У каждого вида птиц паразитирует свой вид кокцидий.
• Нематода Syngamus trachea — вызывает респираторные заболевания у индеек, мигрирует в слизистый слой оболочки трахеи, где питается кровью птицы и размножается. Прикрепление нематоды приводит к образованию узелков и воспалению в трахее, а иногда вызывает пневмонию.